D?j?, pour se mettre dans le contexte, qu'est-ce que la bioinformatique ? C'est une discipline qui a ?t? cr??e suite ? un besoin grandissant de l'outil informatique dans la biologie. En particulier un besoin de stockage, d'organisation et d'acc?s ? l'information - constitu?e entre autres de s?quences de prot?ines et de g?nes - dont la croissance va encore plus vite que la loi de Moore [1]. Il faut aussi mettre en place des algorithmes adapt?s aux nouveaux probl?mes rencontr?s : par exemple, comment trouver efficacement une s?quence dans une banque de donn?es de plus en plus gigantesque et traiter rapidement un nombre de recherches en augmentation constante ? [2] Cette question a fait l'objet de nombreuses th?ses et projets de recherche durant ces vingt derni?res ann?es, preuve de la fra?cheur de cette discipline. Ou encore, comment trouver la fonction des prot?ines dont on suppose l'existence et dont on poss?de une s?quence ? Certains projets m?diatiques comme Folding@Home [3] tentent d'apporter des ?l?ments de r?ponse, en demandant ? tous les internautes du monde entier de contribuer avec leurs propres machines, seule fa?on viable de pouvoir calculer relativement rapidement la structure tridimensionnelle des prot?ines et ainsi de pouvoir se donner une id?e de leur r?le.

La bioinformatique est donc une sorte de catalyseur pour la recherche. Gr?ce ? elle, la science peut notamment trouver plus rapidement des m?dicaments ou solutions contre certaines maladies (allant d'Alzheimer au cancer). Mais elle joue aussi d'autres r?les, par exemple pour affiner les recherches sur la th?orie de l'?volution : les comparaisons g?n?tiques fournissent des indices tr?s pr?cieux pour savoir quelles sont les esp?ces les plus proches et comment les diff?rentes familles se sont form?es.

Alors, pour en revenir au titre, pourquoi cette discipline me cause-t-elle des soucis ? Tout simplement parce que traiter des donn?es, les analyser, en optimiser l'acc?s et chercher de nouvelles techniques adapt?es ? des probl?mes donn?s, c'est ce que je fais depuis plus de cinq ans des statistiques de forums de discussion [4]. Sur le fond, ?a n'a pas grand chose ? voir, mais en terme centre d'int?r?t ?a a beaucoup de choses en commun. La preuve est que les cours de bioinformatique me passionnent. Or, la bioinformatique est une activit? essentiellement orient?e dans la recherche fondamentale, et la recherche fondamentale s'appuie essentiellement sur le secteur publique. Cela signifie que se lancer dans une carri?re de bioinformaticien revient ? courir apr?s des CDD souvent courts et mal pay?s aupr?s des laboratoires fran?ais (voire ?trangers, car le nombre de places est tr?s limit?). Au bout de plusieurs ann?es de lutte, si tout va bien, on peut esp?rer r?ussir un concours dans la fonction publique ou trouver une place dans le priv? en faisant valoir son exp?rience... Voil? mati?re ? r?fl?chir ? deux fois avant de s'engager, surtout lorsqu'on voit le taux d'emploi en CDI - presque 100% - dans les autres secteurs o? je pourrais me diriger l'an prochain en Master Pro (r?seau ou ?tudes et d?veloppement).

[1] Exemple de croissance uniquement pour les s?quences de g?nes sur le site du NCBI : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Genbank/genbankstats.html
[2] Recherches sur le site PubMed : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/About/tools/restable_stat_pubmed.html
[3] Site officiel de Folding@Home : http://folding.stanford.edu/
[4] JVstats : http://jvstats.planet-shitfliez.org/site/rubrique.php?id_rubrique=1